Вообще лучше, прокачать бочком систему, лучше промывает и меньше вспенивает жидкость при прокачке.
Бачок заливается тормозная жидкость подается давление, через переходник подключается к расширительному бочку тормозной жидкости.
А разницы какой контур качать первый на практики практически нет.